МПС организует свою работу на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности
Наиболее важные вопросы деятельности железнодорожного транспорта рассматриваются Коллегией МПС. В ее состав входят министр (председатель Коллегии), заместители министра по должности и ряд руководящих работников центрального аппарата Министерства, а также отдельные руководители железных дорог и других предприятий железнодорожного транспорта. Члены Коллегии, кроме лиц, входящих в ее состав по должности, утверждаются Правительством России Решения Коллегии проводятся в жизнь, как правило, приказами и распоряжениями министра.
Для рассмотрения программ развития отрасли, внедрения новой техники и других наиболее важных вопросов при МПС образован Научно-технический совет, возглавляемый министром. Состав Научно-технического совета и положение о нем утверждаются министром.