В него вошли и специальные формирования НКПС, а для руководства железнодорожными войсками фронтов были созданы Управления военно-восстановительных и заградительных работ (УВВР). Для руководства войсками в составе ГУВВРа были созданы Управление и Штаб железнодорожных войск. Специальные формирования были переведены на положение воинских частей.
Яркой страницей в истории войск останутся их действия на Ленинградском фронте в период блокады города. По восточному побережью Финского залива войска построили 28 км оборонительных рубежей, преградив подступы к городу со стороны залива. В кратчайшие сроки была построена железная дорога от Шлиссельбурга до Полян общей протяженностью 33 км. Ленинградцы назвали эту трассу «Дорогой Победы», по которой только в 1943 г. прошло 4700 поездов, доставивших в Ленинград 4,4 млн.