Железнодорожные войска организационно не входят в систему МПС, но тесно взаимодействуют с его структурами в вопросах обеспечения бесперебойной деятельности, необходимой провозной способности и живучести действующих и строительства новых железных дорог.
Железнодорожные войска состоят из Федеральной службы железнодорожных войск Российской Федерации (ФСЖВ России) -соединений, воинских частей, научно-исследовательских учреждений, организаций и военных учреждений профессионального образования. ФСЖВ имеет в своей структуре аппарат директора Федеральной службы – командующего железнодорожными войсками РФ, штаб железнодорожных войск и самостоятельные управления и отделы. ФСЖВ, созданная в 1995 г. (вместо Федерального управления ж.-д. войск, действовавшего с 1992 г. как государственное учреждение при МПС), непосредственно руководит ж.